一直以來，母乳都被認為是嬰兒最好的食物。母乳的成分能隨著嬰兒發育的需要而變化。產后1—2天內分泌的乳汁叫初乳，色黃質稀,含有較多的蛋白質和固體成分，還有輕瀉作用，利于新生兒排出胎糞。隨著新生兒的生長和發育，母乳逐漸變濃，量也增多，到六個月左右達到最高峰，以滿足嬰兒需要，這是任何其他乳類所不及的，這也是它獨具的特殊優點。與喝牛奶的嬰兒相比，母乳喂養的嬰兒很少發生消化不良，并且很少受到痢疾和感冒的侵擾。如今科技水平非常發達，嬰兒奶粉與母乳已經沒有太大差別，但人工喂養的嬰兒患病率仍然高于母乳喂養的嬰兒，這主要是因為母乳喂養的嬰兒可以從母乳中獲得活性益生菌，而大部分嬰兒配方奶粉不含這些成分。

嬰兒在出生后的幾個小時里，腸道和糞便都是無菌的。出生后數小時糞便中首先出現腸球菌、鏈球菌和大腸桿菌等需氧或兼性厭氧菌。出生后24小時大腸桿菌占優勢，雙歧桿菌于出生后第二天出現，增長十分迅速，第4—5天開始占優勢，一周后其數量可達細菌總數的98%。與此同時大腸桿菌數量下降，擬桿菌等隨著雙歧桿菌的出現有所增加，但在健康母乳喂養的嬰兒體內，其數量一直低于雙歧桿菌，雙歧桿菌仍然占有主導地位。雖然母體產生的初乳熱量并不高，但是卻含有多種抗體。它有助于嬰兒機體免疫力和免疫系統的建立。

喂養方法不同影響腸道菌群的定植，開始母乳喂養的時間越早，雙歧桿菌定植也越早。這是因為母乳中含有雙歧因子，它是雙歧桿菌合成細胞壁所必需的物質，所以它能促進雙歧桿菌的生長；雙歧桿菌發酵能產生大量醋酸和乙酸，使腸道pH值下降，在酸性條件，需氧菌和兼性厭氧菌的生長受到抑制，有利于厭氧菌的生長；母乳中含有SIgA和乳鐵蛋白，相當于自然被動免疫制品，具有控制腸道有害菌、促進雙歧桿菌系列的功效。所以母乳在保持正常菌群結構方面有重要作用。

母乳中含有幫助雙歧桿菌增殖的物質，但在配方奶粉中并不含有。當嬰兒只食用配方奶粉時，腸道免疫系統的發育會受到阻礙，而母乳喂養的嬰兒則與之相反。配方奶粉喂養的嬰兒腸內的雙歧桿菌雖然也是優勢菌群，但在糞便中可檢出病原性的腸球菌、大腸桿菌和梭狀芽孢桿菌，也就是說母乳喂養的嬰兒腸內的雙歧桿菌的數量明顯高于人工喂養的嬰兒，并占絕對優勢，而人工喂養的嬰兒腸內的雙歧桿菌只占微弱的優勢。母乳喂養的嬰兒糞便的pH值為4.5—5.5，而人工喂養的嬰兒糞便的pH值為5.7—6.7。這說明人工喂養的嬰兒腸道中的有害菌容易增殖，從而導致雙歧桿菌的功能下降。

當嬰兒慢慢長大，到了斷乳期的時候，腸內菌群就會發生很大的變化。由于斷奶后食物種類增多，各種腸道細菌也增加。需氧菌在生長過程中消耗了腸內的氧氣，降低了局部的氧化還原電勢，促進了厭氧的雙歧桿菌定植。且厭氧的數量逐漸增加，成為優勢菌，反過來抑制需氧菌及兼性厭氧菌的生長，最終腸道菌群在種類和數量上的變化趨于穩定，腸道菌群的功能也達到最佳狀態，此時稱峰頂。峰頂菌群通過一系列機制，對外來的致病菌及條件致病菌的入侵具有較強的生物拮抗作用，且在宿主的營養、免疫等方面也發揮著重要作用。個體腸道從出生時的無菌到峰頂階段的過程稱為演替，一般需要3—4個月時間。演替是一個隨機的、不穩定的過程，受外界因素的影響較大，也受自身生理變化的影響。一些嬰兒特別是母乳喂養的嬰兒能順利度過這一時期，建立起以雙歧桿菌為主的厭氧菌占絕對優勢的菌群結構。雙歧桿菌主要通過與腸黏膜上皮細胞的緊密結合而產生占位性保護作用，并且在腸道內產生具有重要生理作用的有機酸，降低腸道pH值及氧化還原電勢，抑制致病菌及條件致病菌的入侵，維持腸道微生態平衡。因此在斷乳期要特別注意給嬰兒補充雙歧桿菌和乳酸菌，使有益菌在腸內菌群中占有優勢。